Postdoc: Antigen-specific single-cell profiling

Can we distinct short- and long-term cellular immunity in order to improve vaccination strategies? In this position at RIVM you will contribute to public health by generating and analyzing single-cell datasets for exploring why longevity of cellular immunity induced by different vaccines and pathogens differs. You will have access to unique clinical cohorts, cutting-edge flow cytometry and sequencing technologies, and dedicated bioinformatic support. This two-year post offers a collaborative, research-focused environment where your daily laboratory work shapes meaningful scientific insights.

Your responsibilities
Understanding the mechanisms behind why cell-mediated immunity lasts for decades after certain infections or vaccines, while fading quickly after others, is crucial for designing next-generation public health strategies. In this two-year position you address this question by mapping antigen-specific B and T cell responses at single-cell resolution.

Your primary focus is the hands-on generation and analysis of single-cell datasets from clinical cohorts. Working within a dedicated project team, you profile cellular immune responses triggered by various pathogens and vaccines to evaluate both the depth and longevity of protection. You work closely alongside an experienced bioinformatician to integrate, interpret, and translate complex laboratory data into immunological insights.

Your key tasks include:

• Designing and performing laboratory experiments for generating flow cytometry and single-cell omics datasets from human clinical studies on cellular responses following infection or vaccination.
• Analyzing and visualizing flow cytometry and single-cell datasets.
• Coordinating and safeguarding the timing and quality of completing project deliverables.
• Publishing research results in peer-reviewed journals to communicate findings.
• Presenting research outcomes at meetings and conferences.

By generating these high-dimensional single-cell datasets, you help uncover the biological determinants of durable immunity, offering evidence that can refine future vaccination frameworks. Beyond the daily laboratory and data work, you will have access to advanced sequencing technologies and patient samples, with space to strengthen your analytical approach and share findings through peer-reviewed scientific publications.

About the department
The Centre for Immunology of Infectious Diseases and Vaccines (IIV) at the Dutch National Institute for Public Health and the Environment (RIVM) conducts high-impact research on how the immune system responds to vaccines and infections. We focus on protecting vulnerable groups such as infants and older adults. Our Immune Mechanisms – Correlates of Protection (IMC) department identifies biomarkers of protective immunity through clinical studies, contributing to vaccine effectiveness and policy decisions.

For this project you will work closely with a principal investigator, a bioinformatician, and a technician. You will regularly collaborate with the project team to share progress and exchange ideas in an open, supportive environment. As a team, we tackle challenges together and celebrate our milestones with a slice of cake. You will also participate in IMC department and IIV centre meetings, giving you the opportunity to discuss research with fellow scientists. Beyond that, you can connect with colleagues informally during centre lunches, drinks, and social activities. We offer a flexible working environment through our hybrid work policy. We gather on-site two fixed days a week to connect as a team and with the broader centre, while offering the flexibility to work remotely when your tasks allow.

How to apply and more information
Are you excited to join our team and contribute to essential public health research? Apply now and send your application to Dr. Jelle de Wit, head of the IMC department.

For more information, feel free to contact Jelle de Wit (+3188 689 3109) or René Raeven (+316 3198 4662). We'd love to hear from you!

The interviews for this position will be held on Wednesday November 11th and Friday November 13th.

Job requirements
To be successful in this position, the following knowledge and experience is required:

• You hold a PhD in immunology, preferably focused on infectious diseases.
• You possess a solid foundation in T or B cell biology.
• You bring practical experience with cellular immunology techniques such as flow cytometry and cell sorting. Prior experience with single-cell techniques is a plus.
• You have a strong affinity for analyzing large datasets in R or python, ideally single-cell omics, enabling you to translate high-dimensional biological data into actionable scientific insights.
• You work with a structured and resilient approach, which helps you navigate complex experimental workflows, troubleshoot methodologically, and adapt to changing research demands.
• You communicate clearly in spoken and written English, allowing you to collaborate effectively within multidisciplinary teams and share your findings with the broader scientific community.

Bij het RIVM hebben we één van de beste cao's van Nederland, namelijk die van de Rijksoverheid. Naast een goed salaris hebben we aantrekkelijke arbeidsvoorwaarden zoals een Individueel Keuzebudget van 16.5 % van je bruto jaarsalaris waarover je zelf de regie hebt. Je kunt iedere maand een deel laten uitbetalen of extra vrije dagen kopen of verkopen. Daarnaast bieden we fiscale voordelen om bijvoorbeeld je studieschuld af te lossen. Ook zijn we een mantelzorgvriendelijke organisatie. Meer weten? Lees er meer over onder de kop ‘overige arbeidsvoorwaarden’.

For this position, vaccinations are mandatory as you will be working in laboratories where experiments with pathogens are being performed.

Vragen we in de vacaturetekst om een motivatiebrief en kun je wat hulp gebruiken om deze te schrijven? Lees dan deze 4 tips voor een goede motivatiebrief.
Informatie over solliciteren bij het RIVM:

• Wij begrijpen dat AI een handig hulpmiddel is voor jouw motivatiebrief en cv. We willen je adviseren om het enkel als hulpmiddel te gebruiken en vooral ook jouw unieke ik terug te laten komen in deze documenten.
• Bij je indiensttreding vragen we altijd om een Verklaring Omtrent Gedrag (VOG).
• Als je solliciteert als 'van-werk-naar-werkkandidaat' of als 'herplaatsingskandidaat', stuur dan een kopie van je aanwijzingsbrief mee.
• Werk je nu via een uitzend- detacheringsbureau bij de Rijksoverheid, vermeld dit dan in je brief.
• Het RIVM zet zich in om medewerkers in dienst te nemen die onder de doelgroep van de Wet Banenafspraak vallen. Meer informatie hierover vind je op de website van de Rijksoverheid.
• Bij het RIVM ben je welkom zoals je bent. Wij zijn ervan overtuigd dat diversiteit in een team de samenwerking en de uitkomst sterker maakt. Daarnaast wordt betrokkenheid van medewerkers bij medezeggenschap gewaardeerd.
• Wij volgen de Recruiter Code en gaan zorgvuldig met je persoonsgegevens om.
• Voor een volledig beeld van de zakelijke achtergrond van sollicitanten raadplegen we soms LinkedIn.
• Deze vacature gaat offline na de sluitingsdatum, vergeet dus niet om de tekst te downloaden en op te slaan. Het kan zijn dat na deze datum deze vacature nog (onbedoeld) vindbaar is op diverse jobboards. De sluitingsdatum op werkenvoornederland.nl is leidend.
• Het kan voorkomen dat de sollicitatiepagina niet werkt, het kan aan de browser liggen. Probeer in dat geval de sollicitatiepagina in een andere browser te openen.
• Wij maken geen gebruik van bureaus voor deze vacature. Mochten wij uiteindelijk hulp inschakelen, dan nemen wij hiervoor zelf contact op met bureaus.